ในที่สุด ปีเตอร์ ปาร์คเกอร์ (โทบีย์ แมกไกวร์) ก็สามารถประสานให้ชีวิตทั้ง 2 ด้านของเขาเป็นไปอย่างราบรื่น ทั้งความรักที่มีต่อ เอ็มเจ (เคิร์สเตน ดันสท์) และภาระกิจพิทักษ์ความสงบแก่มวลมนุษย์ในฐานะซูเปอร์ฮีโร่ สไปเดอร์แมน
แต่แล้วพายุครั้งใหม่ก็เริ่มก่อตัวขึ้นอีกครั้ง เมื่อชุดฟอร์มสไปเดอร์แมนของเขา กลับกลายเป็นสีดำทมึน และทวีพลังรุนแรงยิ่งขึ้น การเปลี่ยนแปลงครั้งนี้ส่งผลให้ความโกรธแค้นที่ฝังลึก ระเบิดออกกลายเป็นพลังด้านมืดมหาศาลซึ่งปีเตอร์ ไม่อาจควบคุมได้ ปีเตอร์กลายเป็นคนแข็งกร้าว มั่นใจเกินไป และเพิกเฉยต่อคนที่รักเขามากที่สุด ระหว่างที่เขาต้องเลือกระหว่างพลังอำนาจมหาศาล กับการเป็นวีรบุรุษผู้เคยเป็นที่รักในแบบเดิม ศัตรูที่น่ากลัวที่สุดก็อุบัติขึ้น! แซนแมน (โธมัส เฮเดน เชิร์ช) และ อสรพิษเวน่อม (โทเฟอร์ เกรซ) รวมพลังแก้แค้นอันยิ่งใหญ่หวังจะกำจัดปีเตอร์ และทุกคนที่ปีเตอร์รักให้ราบคาบ!ภารกิจครั้งใหม่ของสไปเดอร์ครั้งนี้จึงเข้มข้นยิ่งขึ้น ทั้งการต่อสู้พิชิตอำนาจมืดในตัวเอง กับการรับมือ 2 วายร้ายตัวฉกาจที่มีพลังอำนาจสูงเกินกว่าที่วีรบุรุษจะรับมือไหว